Возникший одновременно с академией, музей с самого начала стал неотъемлемой частью процесса художественного образования. А в последние годы он вступил в новый период жизни: получил юридическую независимость, разрабатывает концепцию развития и пытается завоевать место в музейном пространстве Петербурга.
Светское художественное образование в России практически отсутствовало до середины XVIII века. Академия наук и художеств появилась только в царствование дочери Петра I Елизаветы Петровны благодаря Михаилу Ломоносову и Ивану Шувалову. В 1764 году вступившая на трон Екатерина II даровала «Привилегии и Устав Императорской Академии трех знатнейших художеств, живописи, скульптуры и архитектуры с воспитательным при оной Академии училищем». Для академии строится здание на набережной Невы.
В ИАХ входили учебные классы, библиотека, выставочные залы и музей. О нем особенно хлопотал Иван Шувалов, первый президент академии. Он передал в дар музею и библиотеке свою коллекцию картин, скульптур, античных слепков, книг. Шувалов привлекал к участию в делах академии богатых и знатных людей, среди которых считалось за честь подарить музею какое-либо произведение. Свои коллекции передали занимавшие в разные годы пост президента граф Александр Строганов, археолог и художник Алексей Оленин. В 1860-е годы в музей по завещанию бывшего владельца попало собрание Николая Кушелева-Безбородко — выдающегося коллекционера и библиофила.
Особенно интенсивно музей пополнялся лучшими учебными рисунками и этюдами, картинами, созданными выпускниками по заданию академии во время поездок по Европе или самостоятельно. Работы Федора Бруни, Карла Брюллова, Антона Лосенко, Ивана Мартоса, Ильи Репина, Генриха Семирадского, Василия Сурикова, Григория Угрюмова, Федора Шубина, Сильвестра Щедрина стали украшением музея. В конце XIX века в его фонды перешли все учебные коллекции из классов.
Сегодня Научно-исследовательский музей при Российской академии художеств занимает парадные залы на всех трех этажах исторического здания. На первом находится отдел слепков и моделей античных архитектурных памятников, на втором — «Академический музеум», коллекция картин знаменитых мастеров и работы российских авторов, выпускников академии. На третьем этаже экспонируются архитектурные модели и макеты петербургских зданий.
«Музей и сама академия многие десятилетия были настоящим центром художественной жизни России, — рассказывает Вероника Богдан, заместитель директора музея по научной работе. — Тем более что правила посещения музея были очень демократичными: сюда могли прийти гости любого звания и чина, в любой одежде, единственное условие — в чистой, и служитель музея обязан был провести экскурсию».
К концу XIX века коллекция музея Академии художеств по своей ценности конкурировала с собранием Эрмитажа. Но в 1918 году институцию ликвидировали, музей закрыли, ценнейшее собрание практически полностью разорили (экспонаты передали главным образом в Эрмитаж и Русский музей).
В середине 1930-х годов воссозданную Всероссийскую академию художеств и Ленинградский институт живописи, скульптуры и архитектуры при ней возглавил ученик Репина Исаак Бродский. Он потребовал от Эрмитажа и ГРМ отдать переданные туда экспонаты.
Но в родные стены мало что вернулось. Все собрание Кушелева-Безбородко осталось в Эрмитаже, а из богатейшей коллекции Ивана Шувалова в Академии художеств сохранилась лишь одна картина — «Избиение младенцев» Андреа Челести.
Сейчас в музее более 183 тыс. экспонатов. Он именуется научно-исследовательским, в его состав входит четыре мемориальных объекта: квартиры Исаака Бродского и Архипа Куинджи, усадьба «Пенаты» Ильи Репина и дом Павла Чистякова в Царском Селе. С 2015 года музей обладает статусом самостоятельного учреждения, подчиняющегося напрямую Министерству культуры РФ, хотя финансирование до сих пор идет через Министерство науки и высшего образования.
«У музея пока нет своего облика, он много лет существовал как ведомственное учреждение, — говорит Алексей Мудров, директор музея с 2017 года. — До конца этого года мы решим вопрос с финансированием и утвердим новую концепцию развития. Музей ищет свой, особый путь, и мы видим перспективы».